L'histoire se deroule quelques annees apres la mort de Bou. Sangoku etait sur la tour Karine ou il entrainait son pupille Oub (reincarnation de bou) afin de participer a un tournoi au royaume des morts. Le roi Pilaf, a la recherche des boules de cristal, va sans vraiment le vouloir demander au dragon Sheron de rajeunir Sangoku au point de reprendre sa taille de petit garcon.
Sangoku, pris au piege, a un an pour retrouver son corps d'adulte et les 7 Dragon Balls, car la Terre pourrait exploser si ce delai etait depasse. II va partir a travers l'espace a la recherche des sept Dragon Balls qui lui permettront de retrouver sa taille. II va etre aide dans sa quête par Trunks, devenu adulte, et Pain, sa petite-fille. Embarques sur un immense vaisseau que leur a fabrique Bulma, ils echouent sur une petite planete dominee par un prince du nom de Donkya. Ils vont faire la connaissance d'un petit robot qui a absorbe le radar et va contraindre nos amis a le laisser les suivre dans leur grand voyage: Giru. Ils vont sauver une princesse captive et se retrouver sur une planete qui est un immense jeu de l'oie.
Nos quatre comperes vont se retrouver dans l'episode 13 face a un etrange professeur ressemblant beaucoup au docteur Géro : le docteur Myu. Ce dernier est un savant un peu fou qui fabrique des monstres et des creatures mutantes. Nos amis vont decouvrir que Giru, le petit robot qui les accompagne, est l'une des inventions du Dr Myu. II a ete cree pour obtenir l'amitie de nos amis et les conduire jusqu'au docteur. Ce dernier, qui adore les mutations genetiques, n'arrive pas a comprendre le systeme de fonctionnement des Super Sayens, ni pourquoi leur energie est inepuisable. II souhaite en fait les capturer tous pour posseder leur pouvoir et les analyser. Giru va conduire nos amis sur sa planete d'origine, un monde artificiel du nom de Mutant Mecanique M2, une creation du Dr Myu peuplee de robots comme Giru qui vont tenter de capturer nos amis au profit du docteur.
Ce dernier va occuper une place hyper importante dans la serie et apparaitre a plusieurs reprises pour capturer les Super Guerriers. II va ensuite envoyer a leurs trousses des creaures artificielles de plus en plus puissantes. Nos amis vont se trouver tout d'abord face a Negi, Nas et Ribet, des mutants mecaniques produits sur la planete M2. Ils vont suivre Sangoku et ses amis et tenter de les eliminer grace a leur mega canon Sigma, une terrible combinaison d'attaque a trois. Nos amis vont vraiment souffrir quand Ryld, l'une des plus terribles creations du docteur Myu, va dacider de passer de son propre chef a l'attaque. II possede a lui seul la puissance du canon Sigma des trois mutants precedents.
Sangoku, Pain et Trunks devront associer leurs pouvoirs de Super Saiyens de facon a faire un mega kamehameha ensemble. Durant ce terrible combat, Baby, une sorte de creature qui peut prendre une forme liquide, va penetrer dans leur vaisseau afin de les suivre. Ce nouveau monstre de Myu est tres particulier car il a une conscience propre, a la difference des autres mutants du docteur qui, eux, ont une conscience collective et peuvent se transmettre des messages: Giru, le robot radar qui est a present leur ami, va les conduire en direction de la septieme boule. Elle se trouve sur une planete glacee dont la temperature permanente est de moins 272 degres Fahrenheit.
Apres l'avoir recuperee, ils peuvent enfin revenir sur terre. Mais ils ont un passager clandestin. Baby, le dernier descendant des Tsufurs, est arrive sur terre, le repaire des derniers Super Sayens. II va tout mettre en oeuvre pour se venger d'eux, car ils avaient decime sa planete, dans le temps. II ne peut attaquer Sangoku en premier car celui-ci est beaucoup trop puissant et possede maintenant les sept Dragon Balls...
Ce qui est sur, c'est qu'il a a present la possibilite de combattre les Super Sayens. II va tout d'abord s'emparer du corps d'un jeune homme grace au-quel il arrivera jusqu'au Super Sayen le moins fort, c'est-à-dire Sangoten. Comme ce dernier ne s'entraine plus, il a perdu toute combativite. Baby va le possreder et utiliser son corps pour atteindre son grand frere Sangohan.
Apres un rapide combat contre Piccolo, Baby-Sangohan reussira a atteindre Vegeta et a le posseder a son tour. Baby gardera son apparence, qu'il trouve ideale. Sangoku va remettre les Dragon Balls a Dende mais celui-ci aura ete controle par Baby et les lui remettra: Son voeu: que sa planete natale, la
planete Tsuful, soit recree et il y emigrera avec les terriens, . . Grace a cela, il volera aussi la puissance de Trunks et sa soeur Bra, tout en gardant le physique de Vegeta qui ne va pas cesser d'evoluer.
Sangoku ne pourra rien contre lui, meme en guerrier 3, du fait de sa petite taille. II va etre oblige de developper son pouvoir pour atteindre un niveau superieur. II se produira une quatrieme transformation qui lui permettra de developper son corps pour devenir adulte et puissant. Un combat de titans va alors s'engager entre deux guerriers dont la puissance est equivalente. Sangoku finira par l'emporter et detruira Baby qui tentait de s'enfuir a bord de son vaisseau. La paix revenue, nos amis n'ont plus que 15 jours pour retrouver les Dragon Balls, eparpilles de nouveau apres le voeu de Baby.
Malheureusement ils n'y arrivent pas, et Sangoku decide d'emigrer sur Tsuful puis d'invoquer le Shenron de Namek pour qu'il transforme Tsuful en une seconde planete Terre. Piccolo restera seul sur Terre, pour disparaitre avec les Dragon Balls, et eviter que le probleme ne se pose une seconde fois.
Malheureusement, la paix ne durera pas longtemps, car Le professeur Myu a rencontre le docteur Gero en Enfer, et ils ont fabrique un C-17 identique a celui se trouvant sur Terre. Deux personnes ne pouvant pas se trouver au même endroit, un pont s'ouvrit entre la Terre et l'enfer et les deux C-17 se rejoignirent, tandis que Gero et Myu, accompagnes des ancien ennemis de Sangoku, debarquent sur Terre et y sement la pagaille. Sangoku quant a lui se fera pieger en enfer, en compagnie de Cell et Freezer. Sur Terre, les deux C-17 fusionnent pour devenir Super C-17.
Son pouvoir est quasi-illimite et aucun guerrier, pas meme Vegeta ou Oub, ne parvient a le battre. Piccolo prend alors une decision: il se rend en enfer aux cote de Sangoku pour l'aider a sortir. Il demande a Dende de grandir son aura depuis le palais celeste et lui ferait de meme depuis l'enfer. Les auras des nameks etant tres ressemblantes, une porte s'ouvre et Sangoku parvient a s'echapper. Il debarque sur le champ de battaille et combat Super C-17. Malheureusement, meme en Super Sayen 4, il lui est tres difficile de lui tenir tete. Il finira par gagner grace a l'aide de C-18 qui occupera son frere pendant que Sangoku lui lancera son Point du Dragon.
Super C-17 elimine, nos amis repartent a la recherche des nouveaux Dragon Balls, mais ils s'apercoivent qu'elles sont fissurees. En essayant d'appeler Shenron, ils se retrouvent face a un Dragon noir qui n'a rien a voir avec Shenron. Il leur explique alors qu'a force de faire des voeux avec les Dragon Balls, une sorte d'energie negative s'y est accumulee, et a donne naissance a ce Dragon. Il va alors avaler les sept Dragon balls et creer sept autres Dragons, chacun possédant une boule.
Sangoku devra donc les affronter les uns apres les autres, mais arrive au dernier dragon, celui possedant le Dragon Ball a une etoile, il se retrouvera en mauvaise posture, d'autant que ce dragon absorbera les 6 autres boules pour devenir hyper puissant. Heureusement pour Sangoku, Vegeta qui a lui aussi atteint le niveau 4, viendra lui preter main forte, et ils fusionneront pour devenir Gogeta 2. Ce dernier humiliera le Dragon noir, mais la fusion s'achevera avant qu'il ne puisse le detruire. Sangoku aura alors une fois de plus recours au Genkidama pour pouvoir le tuer.
Shenron reviendra, et annonce qu'il ne peut plus realiser de voeu, sauf un ultime pour reparer tous les degats. Sangoku absorbera alors les 7 Dragon Balls et disparaitra au loin avec Shenron...
Culte!!